6月26日，国家能源局综合司发布关于启用国家绿证核发交易系统的公告，显示为落实《国家发展改革委 财政部 国家能源局关于做好可再生能源绿色电力证书全覆盖工作 促进可再生能源电力消费的通知》（发改能源〔2023〕1044号文）相关工作要求，切实提升绿证核发效率，推动绿证核发全覆盖，定于2024年6月30日正式启用国家绿证核发交易系统。自2024年6月25日至6月30日，原国家可再生能源发电项目信息管理平台停用绿证申领功能，期间发电企业或项目业主可正常登陆查看绿证核发信息。自2024年7月1日起，发电企业或项目业主可通过国家能源局门户网站“在线办事”栏目中的“国家绿证核发交易系统”登陆系统，原登陆账号和密码不变。国家绿证核发交易系统每月以电网企业、电力交易机构提供的数据为基础，对已建档立卡的项目上月电量核发绿证。尚未完成建档立卡的发电企业或项目业主应尽快完成建档立卡，避免影响绿证正常核发。
2023年8月，国家发展改革委、财政部、国家能源局联合印发《关于做好可再生能源绿色电力证书全覆盖工作促进可再生能源电力消费的通知》，对全国风电(含分散式风电和海上风电)、太阳能发电(含分布式光伏发电和光热发电)、常规水电、生物质发电、地热能发电、海洋能发电等已建档立卡的可再生能源发电项目所生产的全部电量核发绿证，实现绿证核发全覆盖。作为绿色电力环境权益的唯一凭证，绿证核发全覆盖及绿证交易将摆脱绿电交易的时间和空间限制，为企业绿色低碳转型提供可靠的工具。
虽然加快了绿证建设，但目前绿证如何和全国碳市场挂钩进行抵销仍不清楚。
目前绿电绿证代表的年间接碳减排量预计高达17亿吨左右，如果无区别全部纳入全国碳排放权交易市场扣除企业碳排放，将会动摇全国碳排放权交易市场的基础，也会对全国温室气体自愿减排交易（CCER）市场造成巨大冲击。截止2024年6月，全国试点碳市场仅上海、天津、北京、湖北共四个市场明确允许使用绿电进行排放抵销。
全国层面，根据2024年4月3日生态环境部公开征求《企业温室气体排放核算与报告指南 水泥熟料生产》显示，水泥熟料生产过程中通过市场化交易购入使用的非化石能源电力消费量（绿色电力证书交易凭证载明的常规水电和核电可不提供绿色电力证书交易凭证）可不纳入排放计算。如果全国碳市场明确允许使用绿证/绿电进行排放抵扣，则会影响市场对于CCER的需求。
此外，目前CCER首批发布的方法学中，仅并网光热发电和并网海上风力发电两个发电项目，不排除之后会有更多的可再生能源发电项目纳入CCER方法学中。