食品安全有六项基本原则：食品生产安全、食品供应链安全、食品加工系统安全、批发食品供应安全、食品零售系统安全，以及食品处理安全。这些原则贯穿了整个食品供应链。如果在食品生产和食品供应链的每个阶段都采取适当的预防措施，那么食品应该是安全的。
除了考虑供应链中的各个独立环节，也要考虑食物网之间的相互联系。实际上，单独地看待食品链的各个环节可能对防止污染毫无用处。食品生产商、加工商、批发商、制造商和消费者这些无法控制的因素会导致产品最终受到严重污染。空气污染和农药在周围地区扩散等因素意味着，他人的活动会使食品“无意间”受到污染。空气污染物和杀虫剂很容易留在草地上，然后再被当地的奶牛吃进去。污染物也可能进入水道，污染鱼类、可食用水生植物和水体