自主题教育工作开展以来，重庆市生态环境保护综合行政执法总队（以下简称执法总队）通过突出主责主业，注重与成渝地区双城经济圈建设“一号工程”、平安重庆建设“一把手”工程、打造新时代“红岩先锋”变革型组织、高质量服务、生态环境保护执法大练兵以及生态环境执法应急等六方面深度融合，以学促干解决问题，确保主题教育走深走实。
污染防治工作一直以来都是环境保护执法部门的重中之重，执法总队将污染防治攻坚战与成渝地区双城经济圈建设“一号工程”深度融合，与成都市执法总队签订合作协议，组织实施川渝跨界流域水环境联合执法行动，为两地水环境质量持续改善筑牢基础。2023年一季度，长江干流川渝段保持Ⅱ类水质，重庆市74个国控断面水质优良比例达到98.6%，较去年同期提高2.7个百分点。
在平安重庆建设“一把手”工程上，执法总队坚决守牢生态环境安全底线，完成部市区“三级五方”涪江流域环境应急联合演练，组建9个督导组深入开展环境风险隐患大排查大整治，2023年以来未发生突发环境事件，牢牢守住了生态环境安全底线。
在新时代“红岩先锋”变革型组织深度融合方面，执法总队打造了“人民至上，重庆环境执法在行动”品牌，建立“红岩先锋”变革型组织，举办了4期读书班，推送学习书目8本，用好红岩魂、学习强国等平台，结合系列会议、培训、竞赛等活动，增强理论学习带动力、扩大覆盖面。目前，总队已评选出首批的3个“红岩先锋”党支部和5名“红岩先锋”党员之星，以“党建红”引领“生态绿”。
执法总队将服务高质量发展深度融合，全力打造一流营商环境。截至目前，“三送”服务和“四进”活动中执法总队会同各区县支队结对帮扶41个重点园区、172家重点企业，将2900余家企业纳入正面清单，主动帮扶企业887家次，帮助115家企业修复环境信用，依法实施轻微免罚56件、法定最低处罚16件，对23家企业免除加处罚款208.4万元，同意28家企业缓缴罚款300.4万元，系统解决璧山区秀湖公园等城区公园坝坝舞噪声扰民问题，噪声扰民投诉同比下降32%，以高水平执法服务高质量发展。
执法总队注重生态环境保护执法大练兵深度融合，组织召开全市执法大练兵工作会，联合市文明办、市直机关工委等制定练兵方案，创新开展生态环境部和川渝蓉环境联合执法大讲堂，组织“学用新思想 建功新时代”主题征文、摄影等9项比赛，打造具有重庆特色的练兵品牌。
与此同时，执法总队还注重与生态环境保护执法大练兵深度融合，全面提升执法队伍能力水平；与生态环境执法应急中心工作融合，打造有重庆辨识度、全国影响力的标志性成果。目前，执法总队已成立18个工作专班，实施专班制推进、台账式管理、清单化落实，做到两手抓、两不误、两促进。